En esta época no hubo un sistema organizado de educación formal, la escasa educación que se impartía tenía como propósito fundamental el adiestramiento de los indígenas en la religión católica, para lo que convenía que adquirieran por lo menos la lectura y la escritura. El acceso a la educación se limitaba a las primeras letras, en las escasas escuelas mantenidas por algunos conventos, parroquias y cabildos. Sin embargo, pocos podían asistir estos establecimientos, que además no contaban con la infraestructura adecuada. Gran parte de la formación se realizaba al interior del hogar, en el caso de la clase alta, o bien en los talleres, en calidad de aprendiz de algún oficio, o en las labores agrícolas.
La educación en esta época estuvo en manos de la iglesia, es decir, que este periodo estuvo caracterizado por una marcada orientación religiosa se educaba para la obediencia de Dios y a las autoridades. En los textos de la época se aprecia un tipo de educación para formar individuos esencialmente sumisos. Igualmente, el currículo básico de la época colonial estaba integrado por lectura, escritura, cálculo y la doctrina cristiana, luego más tarde se introdujo la enseñanza de la gramática y de ciencia.
Existían cuatro tipos de establecimientos de primera enseñanza: escuelas de "mínimos", de "menores", de "mayores" y de "latinidad". A las dos primeras, las más numerosas, se asistía especialmente para aprender a leer, escribir y rezar. En las escuelas "mayores" se enseñaba, además, gramática, principios de aritmética, catecismo y escritura por medio del dictado. Las escuelas de "latinidad" eran las más excepcionales y conducían a estudios superiores. En 1803 en Santiago solo había una de latinidad, en el resto de las provincias, algunos preceptores hacían un curso separado de latín, para los que quisieran incorporarse a él.
La educación no tenía un presupuesto asignado, por lo que esta dependía de la colaboración de individuos particulares que aportaban distintos recursos. En algunos casos fue ofrecida de forma gratuita por los sacerdotes por eso se le da especial importancia a la iglesia en esa época.
Desde los inicios del proceso de colonización, los reyes católicos, dieron órdenes para que la iglesia católica por medio de dos órdenes religiosas: los franciscanos y los dominicos enseñaran de manera sistemática los dogmas de la fe, a leer y escribir a los indígenas. Fray Ramón Pane fue el primer sacerdote en aprender el idioma de los indígenas.
Los franciscanos, orden religiosa fundada por San Francisco de Asís, fundaron en 1502 la primera institución educativa de carácter formal. Más adelante en 1537 un rico hacendado de Azua de nombre Hernando de Gorgón donó sus propiedades a la iglesia. Los franciscanos fundaron un colegio al que se le dio el nombre de Gorgón y posteriormente por orden del emperador Carlos V, este colegio dio paso a la universidad Santiago de la Paz o Gorgón.
Por su lado, los dominicos, orden religiosa fundada por Santo Domingo de Guzmán, gestionaron al emperador y obtuvieron permiso para fundar una universidad. Dicha petición fue aceptada y de este modo fue creada la universidad Santo Tomás de Aquino mediante la bula papal in apostulatus culmine del papa Paulo III el 28 de octubre de 1538. Esta universidad es conocida hoy con el nombre de Universidad Autónoma de Santo Domingo (UASD), que es la de mayor antigüedad en el continente americano.
Con la expulsión de los jesuitas en julio de 1767 desapareció la pontificia Universidad Santiago de la Paz o de Gorgón, quedando solamente la Pontificia Universidad Santo Tomás de Aquino. En la obra: Historia del pensamiento pedagógico en la República Dominicana, el Dr. Pablo María Hernández, señala que la corona española dio instrucciones para que a los hijos de los caciques indígenas se les diera una educación especial dirigida por los frailes, la cual debía durar 4 años y que esa educación era puramente espiritual con el propósito de que dichos alumnos fueran cristianizados.
En los tiempos actuales, las universidades no solo son centros de conocimientos sino también que representan escenarios propicios para la crítica a las injusticias sociales. Las universidades de la época colonial, pese a los abusos que cometían los españoles con los indígenas, no criticaron dicha situación. Esto es debido a que como era dirigida por la iglesia católica y estaban influenciadas por el pensamiento filosófico de la escolástica, sirvieron a los fines de los colonizadores.
Entre los principales educadores de la época colonial es obligatorio señalar al obispo Ramírez de Fuenleal, gracias a él se creó el primer colegio de la española, cuyo primer maestro fue Domingo de Arcos; también el bachiller Fernando Suárez, Diego de Ramírez, Cristóbal de Llerena, Francisco Tostado de la Peña y Luís Jerónimo de Alcocer.
Finalmente debemos señalar que, durante la época colonial bajo el dominio de España, la filosofía de la educación (aquella rama de la filosofía que se ocupa de estudiar los fines de la educación) era de carácter religiosa, pues ya se había señalado que estaba influenciada por la escolástica, que era el sistema filosófico de la Edad Media.